Cinq ans ont passé depuis les évènements qui ont vu Godzilla triompher de King Ghidorah et à la suite desquels il est devenu le nouveau roi des monstres. Cependant, alors que la réapparition des titans donnait des résultats bénéfiques pour la planète, contre toute attente, Godzilla semble se retourner contre l'Humanité et détruit tout sur son passage. Dépassée par les évènements, l'organisation Monarch décide de faire appel à Kong, l'unique titan restant qui ne soit pas soumis à Godzilla. Ce dernier, forcé par les humains mais s'étant juré de protéger une jeune fille, est désormais le dernier espoir de l'Humanité et va devoir embrasser l'héritage de son espèce en affrontant Godzilla. Cependant, Mechagodzilla, qui est à l'origine des événements, semble se mouvoir, décidé à éradiquer les Titans.